蛋白合成起始于N-端,蛋白质N-端的序列组成对于蛋白质整体的生物学功能有着影响力。例如N-端序列影响蛋白质的半衰期,同时关联着蛋白亚细胞器定位等,这些与蛋白的功能和稳定息息相关。对蛋白进行N-端测序分析,有利于帮助分析蛋白质的结构,了解蛋白质的生物学功能。 C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位,对蛋白质的生物功能起作用。此外,由于蛋白翻译后在细胞内需要进一步剪切和修饰,通常不能简单的使用基因序列对C-端或N端做简单的预测,对于蛋白生物制品来说,使用C-端测序是可行的,随着蛋白质组学研究的不断深入,蛋白质C端测序对其功能研究将发挥作用。一些新的蛋白质C端测序方法已建立,提高了灵敏度和重复性,能够在蛋白质组水平应用。